La recherche s'est concentrée sur l'identification de nouveaux pathogènes cachés qui pourraient contribuer à la pathogenèse de la maladie parodontale. La parodontite chronique semble avoir une étiologie bactérienne complexe. Malgré des modalités thérapeutiques avancées visant à l'élimination complète des pathogènes parodontaux, la prévalence des maladies parodontales augmente. L'avènement de méthodes moléculaires telles que la PCR, les techniques d'hybridation et les sondes ADN a rendu possible l'identification d'espèces non cultivées. Les nouveaux agents pathogènes répertoriés dans le cadre de la phylogénie parodontale comprennent Cryptobacterium curtum, Dialister pneumosintes, Filifactor alocis, Mitsuokella dentalis, Slackia exigua, Selenomonas sputigena, Solobacterium moorei, Treponema lecithinolyticum, Synergistes. Ces pathogènes nouvellement identifiés ont été classés en fonction de leur association significative avec la parodontite en niveaux d'association supérieurs, modérés et inférieurs.