Les maladies infectieuses émergentes et réémergentes constituent une menace mondiale pour la santé publique, la santé animale et la biodiversité. Dans cette étude, nous avons caractérisé les virus de la grippe aviaire, les paramyxovirus et les coronavirus circulant chez les oiseaux sauvages et les chauves-souris en Égypte, sur la base d'échantillons collectés. Les chauves-souris et les oiseaux sauvages sont des réservoirs connus de plusieurs virus à haut risque ayant un impact sur la santé publique. Les oiseaux sauvages, en particulier, sont des hôtes et des porteurs importants, jouant un rôle majeur dans la propagation, le débordement et l'évolution des AIV en raison de leurs migrations saisonnières. L'analyse phylogénétique des gènes HA et M des virus de la grippe aviaire circulant chez les volailles et de ceux détectés chez les oiseaux sauvages a révélé une relation étroite, suggérant une transmission à partir des oiseaux sauvages. Les souches H5N8 isolées sont identifiées comme des souches égyptiennes. De même, une parenté phylogénétique a été observée dans les paramyxovirus (NDV) isolés à la fois chez les volailles et les oiseaux sauvages, ce qui confirme le rôle de la faune sauvage dans la transmission du virus.