Owen ??élete fenekestül felfordul, amikor apja, akit a fiú meggyozodése szerint ártatlanul ítéltek el, meghal a börtönben. Monroe, a fiú iskolájának informatikusa felajánlja neki, hogy egy Animus használatával lehetové teszi Owen számára, hogy tisztázza apja nevét. Az eszköz segítségével ugyanis feltárhatja a saját DNS-ében rejlo genetikus emlékeket.Ám Owen nagyobb fába vágta a fejszéjét, mint hitte. A szimuláció alatt ugyanis felfedez egy osi és nagy hatalmú, rég elveszettnek hitt relikviát – az Édenszigonyt. Két rivális titkos szervezet, az Orgyilkos Testvériség és a Templomos Rend semmitol sem riad vissza, hogy megszerezze ezt az ereklyét. Owen számára hamarosan nyilvánvalóvá válik, hogy csak úgy menekülhet meg, ha o találja meg eloször a Szigonyt.Monroe irányítása alatt Owen és néhány másik fiatal egy olyan szimulációba lépnek be, amely a DNS-eikben lévo közös emlékeken alapul: az 1863-as New York-i felkelés idejébe térnek vissza. Owen és társai súlyos kihívásokkal kerülnek szembe a forrongó város utcáin, ott megélt tapasztalatiknak pedig hosszú távú következményei lesznek a jelenben.A többszörösen díjnyertes Matthew J. Kirby trilógiájában egy az Assassin's Creed világában játszódó teljesen új történetet ismerhetünk meg, amely szorosan illeszkedik a kánonba, számtalan utalással a játékokra és a decemberben mozikba kerülo filmre.