Il Tomo IX – dal capitolo CXXVII al capitolo CXXXIX – si apre sulle vicende legate al Savonarola e alla spedizione di Carlo VIII nel milanese del 1494, a seguito della quale termina il potere di Ludovico il Moro. Cesare Borgia, figlio di Alessandro VI, conquista domini fra Marche e Romagna. Intanto si vanno scontrando gli interessi sul mare delle antiche repubbliche marinare: estromessa Amalfi già nel XII secolo, lo scontro è vivo tra Pisa, Genova e Venezia. Ma nel 1406 Pisa viene conquistata da Firenze e perde definitivamente la propria autonomia.