L'epidemia di HIV in Pakistan è caratterizzata da un'alta prevalenza negli IDU e nei lavoratori del sesso maschili e transgender, ma da una prevalenza molto bassa nelle lavoratrici del sesso femminili. Su 556 rifugiati afghani, il 5,9% era positivo all'HIV, il 36,8% all'HCV e il 9,17% all'HBV. Su 396 MTSW l'11,6% era positivo all'HIV, il 20,7% all'HCV e il 7,6% all'HBV. Tra i 28 HIV afghani, 17 erano sottotipo A1, 05 allineati con CRF 01_AE (CRF 01_AU) e 06 con 02_AG. Dei 33 HIV MTSW 21 erano sottotipo A1, 02 erano G e 10 erano CRF 01_AE. Tutti i ceppi di sottotipo A1 e CRF 01_AE mostrano un'omologia molto stretta (effetto fondatore). Il presente studio ha riportato per la prima volta i sottotipi G, la forma ricombinante circolante (CRF) 01_AE e la CRF 02_AG Gli altri HIV erano sottotipo A 62%, CRF 01_AE 25%, CRF 02_AG 10% e sottotipo G 3%. Contrariamente alla precedente opinione che l'HIV in Pakistan fosse un'epidemia monofiletica portata dai lavoratori espatriati di ritorno dagli Stati del Golfo, il rilevamento di diversi sottotipi ha dimostrato che l'epidemia di HIV in Pakistan è un evento polifiletico e che gli HIV provenienti da diverse parti del mondo sono stati coinvolti nella rapida diffusione dell'HIV, nell'ampio spettro clinico e nella risposta altamente variabile alla ART.